La visión de la costa desde el mar es de una belleza sublime. Su singular relieve, con predominio de los imponentes acantilados y variados roquedales son acompañadas por una flora y una fauna autóctona. La presencia de espacios litorales protegidos a lo largo de la comarca contribuyen a preservar hábitats y especies propias tanto terrestres como marinas.
La presencia de bosques de alcornocales sobre formaciones graníticas es una característica del sur de la comarca, perceptible en el macizo de la Ardenya o Cadiretes. Por su parte, en el norte, la costa del Montgrí planta cara al mar con elevados acantilados de origen calcáreo donde especies vegetales como el hinojo marino, limoniumo el llantén marino están presentes. Animales como el búho real, el águila perdicera, el cormorán moñudo y los murciélagos son habitantes habituales en esta zona.
El parque natural del Montgrí, Islas Medes y Baix Ter tiene una importante diversidad de hábitats. A lo largo de kilómetros de playa tienen lugar también formaciones dunares litorales, con presencia de vegetación como el barrón y de pájaros como el chorlitejo patinegro.
Del contacto entre el río Ter y el mar resulta una zona de humedales y marismas de gran valor ecológico. Espacio de parada de las aves migratorias, destacan algunas especies como el ánade real, la garcilla bueyera, el avetoro común o el aguilucho.
La zona centro de la comarca forma parte también de diferentes espacios protegidos como las Montañas de Begur o Castell – Cap Roig. Manteniendo el paisaje característico de la Costa Brava, el predominio de bosques de alcornoques y también de pinares (sobre todo de pino blanco y pino piñonero) ganan protagonismo, acompañadas también de algunos encinares.
En estos espacios la presencia de especies animales se resume con la presencia de diferentes aves como el vencejo pálido, el cormorán moñudo o diferentes especies de gaviotas y de murciélagos
Pero en el Baix Empordà, el mar esconde una importante fuente de vida en sus profundidades. Los hábitats marinos son importantes, especialmente en el entorno de las Islas Medes, un espacio incluido dentro del parque natural y que con diferentes cuevas, túneles y cavidades submarinas guardan rincones llenos de vida. Es importante la presencia de la posidonia, el coralígeno, las gorgonias rojas o el coral rojo. En este entorno marino, destacan también peces como el mero, raya águila común, la corvina, el sardo imperial y la dorada.
Otras zonas del litoral conservan también un importante patrimonio natural en el fondo marino, especialmente destacable la presencia de la posidonia en la zona centro y de formaciones de grapissar (acumulación de algas rojas calcáreas) en la zona sur.