Depuis la mer, la côte est d’une beauté incomparable. Son relief singulier, prédominé par les imposantes falaises et les différents terrains rocailleux, est accompagné par une flore et une faune autochtone. La présence d’espaces littoraux protégés le long du canton contribuent à préserver les habitats et les espèces locales terrestres comme marines.
La présence de forêts de chêne-liège sur des formations granitiques est une caractéristique du sud du canton, remarquable sur le massif de l’Ardenya ou Cadiretes. De son côté, au nord, la côte du Montgrí s’ouvre sur la mer avec des falaises élevées d’origine calcaire peuplées d’espèces végétales telles que le fenouil de mer, les statices ou le plantain marin. Des animaux comme le Hibou grand-duc, l’aigle de Bonelli, le cormoran huppé et les chauves-souris habitent cette zone.
Le Parc Naturel du Montgrí, les Îles Medes et le Baix Ter fourmillent d’habitats différents. Les kilomètres de plage sont également bordés de formations dunaires littorales. On y trouve de la végétation telle que le roseau des sables et des oiseaux comme le gravelot à collier interrompu.
Le contact entre le fleuve Ter et la mer a donné naissance à une zone de marécages et de marais dont la valeur écologique est considérable. Les oiseaux migrateurs viennent s’y arrêter. C’est le cas de certaines espèces telles que le canard col vert, le Héron garde-bœufs, le butor ou le Busard des roseaux.
Le cœur du canton fait également partie de différents espaces protégés tels que les Montagnes de Begur ou Castell – Cap Roig. Le paysage caractéristique de la Costa Brava est de plus en plus prédominé par des forêts de chênes-lièges et de pinèdes (surtout de pins blancs et de pins pignons) également accompagnées de quelques chênes.
Dans ces espaces, la présence d’espèces animales se résume à la présence de différents oiseaux tels que, par exemple, le martinet pâle, le cormoran huppé ou différentes espèces de mouettes et de chauves-souris.
Mais la mer du Baix Empordà cache une importante source de vie dans ses profondeurs. Elle compte beaucoup d’habitats marins, notamment autour des Îles Medes, un espace inclus dans le parc naturel qui conserve des coins vivants avec différents tunnels, grottes et cavités sous-marines. Il y a également beaucoup de Posidonia, de coralligène, de gorgones rouges ou de corail rouge. Cet environnement marin comprend également des poissons comme le noir, la raie pastenague, le corb, le sar à grosses lèvres et la daurade.
D’autres zones du littoral conservent également un important patrimoine naturel dans leur fond marin dont la Posidonia dans la zone centrale et des formations de maërl (accumulation d’algues rouges calcaires) au sud.